Chercheur post-doctoral en bio-informatique F/H

Votre mission consistera à prendre en charge des analyses des séquences NGS des anticorps humains (HuAb) anti-Mo/MP (monocyte/macrophage) ou de l'analyse in silico des gènes VH-VL principaux en collaboration avec MabSilico et IMGT.

Le but est d'identifier parmi des millions de séquences celles qui ont été sélectionnées au cours de cycles successifs de phage display. Les validations biologiques corroboreront davantage les analyses bio-informatiques. La force de ces sélections physiologiques sans connaissance de la cible est d'obtenir un aperçu des biomarqueurs pertinents ciblés in vivo. Ces biomarqueurs seront identifiés grâce à des analyses protéomiques et IPA (Ingenuity Pathway Analysis) ou R des protéines exprimées différemment dans les sous-ensembles de Mo/MP coupables par rapport à ceux protecteurs.

Analyses bio-informatiques

Avec des doctorants, vous analysez les séquences NGS et identifiez l'occurrence de séquences Sanger de clones individuels au sein de la banque de séquences NGS pour des anticorps leaders

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diagnostiques discriminant les différents sous-types de macrophages

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thérapeutiques sélectionnées par tri FACS sur des sous-populations de Mo/MP pathogènes

Vous comparez les séquences obtenues par séquençage Sanger aux jeux de données NGS pour :

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valider que les anticorps humains sélectionnés biologiquement se trouvent bien dans les données de NGS, confirmant leur spécificité pour les biomarqueurs surexprimés dans la plaque d'athérosclérose

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confirmer que cette sélection reflète avec précision la reconnaissance des biomarqueurs ciblés

Vous identifiez les clonotypes d'anticorps dans les données NGS (combinaisons VH-VL les plus fréquentes, ou les séquences VH ou VL individuelles dominantes)

Identification des biomarqueurs pertinents de la pathologie

Vous identifiez des cibles moléculaires des anticorps humains leaders par des analyses protéomiques afin d'identifier les protéines exprimées différentiellement entre les sous-populations de Mo/MP pathogènes et protectrices

Vous effectuez des analyses de réseaux biologiques avec le logiciel Ingenuity Pathway Analysis (ou d'autres logiciels tels que KEGG, STRING) pour l'identification de biomarqueurs pertinents

Ces biomarqueurs

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guideront la prédiction des cibles des anticorps humains par des méthodes computationnelles (logiciels MabSelect et MabTarget IA développés par MabSilico) appliquées aux données de séquençage NGS

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seront utilisés pour la construction de biopuces Titulaire d'un Doctorat en Sciences biologiques ou bio-informatiques, vous avez une première expérience réussie en analyse NGS ou protéomique.

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Vous êtes organisé, méthodique et rigoureux

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Vous faites preuve de capacités à travailler en équipe et à prendre des initiatives

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Vous maîtrisez la programmation sur Python et/ou R, le versionnage Git et l'utilisation de NextFlow

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Vous connaissez également les biostatistiques et avez une facilité à vous approprier de nouveaux outils informatiques

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Vous maîtrisez l'anglais (oral, écrit) dans un contexte de travail multiculturel (niveau C1/B2)

Vous vous reconnaissez ? Postulez-vite !

Une ouverture internationale est essentielle pour la réalisation de ce projet. Au sein du consortium sont réunis des personnes reconnues pour leur expertise dans :

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l'athérosclérose, étude des macrophages et mise en œuvre de modèles et l'imagerie de modèles animaux précis

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l'ingénierie des formats d'anticorps originaux

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l'identification in silico de la cible des anticorps via l'intelligence artificielle

Basé à Bordeaux - accès tram A (arrêt « Hôpital Pellegrin ») bus, vélo.

CDD de 24 mois

Salaire mensuel brut : 2750 €

Avantages liés au poste

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50 jours de congés annuels dès la première année

Prise en charge à 75% de l'abonnement aux transports en commun de Gironde

Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois

Restauration subventionnée

Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels

Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail

Parcours d'accueil et formations

Processus de recrutement

: après la période de publication de l'annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.

Pour être complète, votre candidature doit comporter votre CV, une lettre de motivation (2 pages max), une liste de vos publications, lettre(s) de recommandation et coordonnées de vos précédents superviseurs.

Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV ! Une université ouverte, créative, indépendante, exigeante. Labellisée « campus d’excellence » par le gouvernement français, l’université de Bordeaux se positionne parmi les plus grandes universités européennes. Elle propose un large éventail de formations pluridisciplinaires, de la licence au doctorat et forme chaque année près de 56 000 étudiants et actifs.

Une recherche innovante et structurée. L’université de Bordeaux a fait de la recherche sa marque distinctive. Reconnue à l’international, elle rassemble plus de 4000 enseignants-chercheurs et chercheurs. Sa collaboration avec les partenaires scientifiques tels que le CNRS, l'Inserm, mais également les nombreux prix internationaux décernés à ses chercheurs, témoignent de son exigence scientifique.

Ouverte sur le monde. L’université de Bordeaux affirme sa vocation internationale avec 60 programmes internationaux en licence, master et doctorat et des partenariats avec près de 700 universités dans le monde. Ouverte sur son environnement, attentive aux évolutions sociétales, elle est aujourd’hui un acteur incontournable du territoire aquitain et y joue un rôle moteur dans le développement économique.